Η εφαρμογή “Αθηνά” ξεκίνησε το 2008, στη Διεύθυνση Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης Α´ Αθήνας, με αφορμή την ανάγκη να αποθηκεύονται όλες οι αμοιβές των εργαζομένων σε ένα κοινό σημείο, για να μπορεί να υπάρχει ένα πλήρες μισθοδοτικό μητρώο και να εκπληρώνεται η τυπική υποχρέωση της αποστολής του Β αντιτύπου βεβαιώσεων αποδοχών στη ΓΓΠΣ του Υπ. Οικονομικών.
Από τον αρχικό της σχεδιασμό και την πρώτη υλοποίηση, η εφαρμογή ήταν διαδικτυακή (web) και χρησιμοποιούσε εργαλεία ανοιχτού κώδικα, πράγμα πρωτόγνωρο εκείνη την εποχή για σύστημα που αναπτύχθηκε από υπηρεσία του Υπουργείου Παιδείας και δημόσια υπηρεσία γενικότερα.
Το 2009 εκδόθηκαν για πρώτη φορά ετήσιες βεβαιώσεις αποδοχών (για το οικονομικό έτος 2008) από τα σχολεία της ΔΔΕ Α´ Αθήνας, ενώ το καλοκαίρι της ίδιας χρονιάς αναπτύχθηκε η υπηρεσία αμοιβών επιτροπών.
Από το σχολικό έτος 2009-10 άρχισε η υλοποίηση υπηρεσιών πέρα από τα οικονομικά, για τη διευκόλυνση υποχρεώσεων των σχολείων, όπως καταγραφή απεργιών, παρουσιολόγιο ωρομισθίων κλπ.
Το 2010 εντάχθηκε στο "Αθηνά" η Δ.Δ.Ε. Αιτωλοακαρνανίας, εγκαινιάζοντας την εξάπλωση του συστήματος πέρα από τα όρια μιας διεύθυνσης εκπαίδευσης.
Από το 2011, η ομάδα "Αθηνά" ανέλαβε την πλήρη μηχανογραφική στήριξη της Διοικούσας Επιτροπής Πρότυπων Πειραματικών Σχολείων (Δ.Ε.Π.Π.Σ.). Από τότε μέχρι σήμερα, η ομάδα υλοποίησε εφαρμογές για την αξιολόγηση των σχολικών μονάδων που χαρακτηρίστηκαν Πρότυπα Πειραματικά Σχολεία, την αξιολόγηση του προσωπικού τους, τις εισαγωγικές εξετάσεις των μαθητών κ.α.
Την ίδια χρονιά η ομάδα συνεργάστηκε με τη Διεύθυνση Οργάνωσης και Διεξαγωγής Εξετάσεων του Υπουργείου Παιδείας για παροχή τεχνογνωσίας στο θέμα του υπολογισμού αμοιβών επιτροπών.
Το σχολικό έτος 2011-12, με την κατάργηση των γραφείων εκπαίδευσης και την ενοποίησή τους στις διευθύνσεις, στα πλαίσια της αναδιοργάνωσης της Δ.Δ.Ε. Α´ Αθήνας μηχανογραφήθηκε το μεγαλύτερο μέρος των διοικητικών διαδικασιών της εκπαίδευσης, με αποτέλεσμα την αύξηση του ενδιαφέροντος άλλων διευθύνσεων να χρησιμοποιήσουν την εφαρμογή. Έτσι, το 2012 εντάχθηκαν στο "Αθηνά" οι Δ.Δ.Ε. Ηλείας, Αχαϊας και Λάρισας και το 2013 οι Δ.Δ.Ε. Πειραιάς και Ροδόπης.
Το Δεκέμβριο του 2012, για να αντιμετωπιστεί η αύξηση των χρηστών άρα και των απαιτούμενων πόρων αλλά και λόγω της επέκτασης της εφαρμογής σε πολλές διευθύνσεις εκπαίδευσης ανά την Ελλάδα, η εφαρμογή μεταφέρθηκε σε εξυπηρετητές στις εγκαταστάσεις του ΙΤΥΕ-Διόφαντος.
Από το 2013, η ομάδα συνεργάζεται με το Ινστιτούτο Εκπαιδευτικής Πολιτικής (Ι.Ε.Π.) στα πλαίσια διάφορων εφαρμογών.